Les dynamiques de la transmission du Sars-Cov-2

Synthèse d’articles (dont 6 prépublications) sur les dynamiques de transmissions du Sars-Cov-2 (traduit par deepl) du docteur Muge Cevik chercheuse universitaire clinique en maladies infectieuses et virologie.

[Les articles publiés sur Medrxiv sont des prépublications et n’ont pas fait l’objet d’un examen par les pairs. Ils font état de nouvelles recherches médicales qui n’ont pas encore été évaluées et ne doivent donc pas être utilisées pour guider la pratique clinique.]

Question :

Beaucoup de discussions ont eu lieu récemment sur les dynamiques de la transmission [du Sars-Cov-2], dont la plupart sont extrapolées à partir des charges virales et d'estimations. Que nous apprennent les données sur les tests de dépistage et la recherche des contacts sur la probabilité réelle de transmission du virus (taux d’infection), les environnements à haut risque et l’âge ?

Résumé :

Bien que la quantité de virus infectieux requis pour l’infection soit inconnue, ces études indiquent qu’un contact étroit et prolongé est nécessaire pour la transmission de la #COVID19. Le risque est le plus élevé dans les environnements fermés : ménages, établissements de soins de longue durée et transports publics.

Les taux d’infection élevés observés dans les ménages, les réunions d’amis et de famille et les transports suggèrent que les contacts étroits en groupe/réunion sont probablement le principal facteur de transmission efficace. Les interactions occasionnelles et courtes ne sont pas le principal facteur de l’épidémie, cependant respectez la distanciation sociale !

L’augmentation des taux d’infection observée dans les environnements clos et connectés correspond aux taux élevés d’infection observés dans les mégalopoles, les zones défavorisées et les foyers de sans-abri. Une prépublication récente [0.] démontre que l’intensité de l’épidémie est fortement influencée par la promiscuité.

Bien que limitées, ces études indiquent jusqu’à présent que la susceptibilité à l’infection augmente avec l’âge (plus élevé que 60 ans) et de plus en plus de preuves suggèrent que les enfants sont moins sensibles, sont rarement responsables de la transmission à la maison, ne sont pas les principaux moteurs de cette épidémie.

Enfin, ces études indiquent que la plupart des transmissions sont causées par un contact étroit avec un cas symptomatique, le risque le plus élevé se situant dans les 5 premiers jours des symptômes. À noter : cette prépublication [00.] suggère que la plupart des infections ne sont pas asymptomatiques pendant l’infection.

[Taux d’attaque : nombre de nouveaux cas sur une période divisé par le nombre de personnes à risque pendant la même période. Le taux d’attaque est la proportion de personnes malades sur la proportion de personnes exposées à un risque reconnu. Taux d’attaque secondaire : Taux de cas rapportés à l’ensemble des sujets vulnérables dont on a déduit les cas primaires]

2147 contacts étroits sur 157 cas #COVID19 ont été suivis : le taux d’infection global était de 6 %, le taux d’infection le plus élevé parmi les amis (22 %) et les ménages (18 %), et les principaux facteurs de risque sont les contacts dans le ménage (13 %), les transports (11 %), les repas (7 %).
445 contacts proches de 10 cas #COVID19 ont été suivis, parmi lesquels 54 (12 %) ont développé des symptômes, ce qui suggère un taux d’attaque secondaire de 0,45 %, et un taux d’attaque dans le ménage de 10,5 %. Aucun autre contact proche, y compris les membres de la communauté et le personnel de soins, n’a été positif.
Sur la base de 1286 contacts étroits de 319 cas #COVID19 ; les contacts dans les ménages et les transports présentaient un risque de transmission plus élevé (80 % des infections causées par 9 % des cas), le taux d’attaque des ménages était de 11,5 %, les enfants étaient aussi susceptibles d’être infectés.
Parmi les 349 cas #COVID19 dans 195 foyers [clusters], le taux d’attaque des ménages était très élevé (17 %), le taux d’attaque hors ménages était de 7 %. Le taux d’attaque secondaire était plus faible chez les moins de 20 ans (5 %) et plus élevé chez les plus de 60 ans (18 %), ce qui suggère que la susceptibilité augmente avec l’âge.
Parmi les 392 contacts au sein des ménages de 105 cas primaires #COVID19, le taux global d’attaque dans les ménages était de 16 %, le taux d’attaque secondaire était le plus élevé chez le conjoint (28 %), dans la population tout adulte confondus (17 %) et était plus faible dans la tranche d’âge des moins de 18 ans (4 %).
Un cas primaire symptomatique #COVID19, son mari qui a ensuite contracté l’infection et leurs 350 contacts proches ont été suivis, 43 ont développé des symptômes, aucun n’a été testé positif, ce qui suggère qu’une exposition proche et prolongée est nécessaire pour la transmission.
Parmi les 2761 contacts étroits de 100 cas confirmés de #COVID19 à Taïwan, 22 cas secondaires ont été identifiés, le taux d’attaque des ménages était de 4,7 %, les taux étaient plus élevés dans la famille proche, chez les plus de 40 ans, si l’exposition avait eu lieu dans les 5 jours suivant l’apparition des symptômes (aucune infection après 5 jours).
Dans un foyer de chalets français, 11 sur 15 contacts ont été testés positifs (tous adultes), soit un taux d’attaque de 75 %. Un enfant (9 ans) était négatif, fréquentait 3 écoles et une classe de ski tout en étant symptomatique, parmi les 172 contacts (73 testés), 1 avait le #COVID19, tandis que 33 % avaient la grippe !
Parmi les 31 foyers de transmission de type ménages, 9,7 % (3 sur 31) ont été identifiés comme ayant un cas primaire pédiatrique, ce qui suggère que les enfants ne sont probablement pas à l’origine de la transmission dans les ménages.
Dans une étude de population en Islande où 9 199 personnes ont été testées, sur les 564 enfants de moins de 10 ans, 38 (6,7 %) ont été testés positifs, contre 1183 sur 8635 (13,7 %) pour les adolescents et les adultes, ce qui suggère une incidence plus faible chez les enfants.
À Singapour, 3 groupes de 28 cas ont été identifiés (2 églises, 1 réunion de famille). Dans tous les groupes, la transmission était due à un contact étroit avec un cas symptomatique, ce qui suggère que la transmission se produit principalement par contact étroit en assemblée.
15 cas confirmés/probables ont été identifiés après que le cas index #COVID19 ait assisté à des funérailles (3h), partagé un repas (2h), fêté un anniversaire tout en présentant des symptômes légers, ce qui suggère que les réunions familiales jouent probablement un rôle important dans la transmission.
408 personnes résidant dans un refuge pour sans-abri sur une période de 2 jours ont été testées, 36 % étaient positives, ce qui suggère que l’infection pourrait être facilement transmise au sein de ce type de foyer. En outre, la majorité des personnes ne présentaient pas de symptômes.
Dans une maison de retraite, 23 jours après que le premier résident atteint de #COVID19 soit déclaré, parmi 84 résidents (76 testés), 48 étaient positifs. Dans cet établissement, la prévalence de Covid-19 chez les résidents était de 64 %. 50 % des résidents n’avaient aucun symptôme au moment du test.

Conclusion :

Les données de traçage des contacts sont cruciales pour comprendre la dynamique réelle de la transmission. Note de prudence : ces données et cette interprétation sont basées sur les preuves disponibles au 4 mai. Notre compréhension pourrait changer en fonction des tests de dépistage et de la levée des mesures de confinement.

Bien que nous disposions de données limitées, un schéma de transmission à haut risque similaire pourrait être observé dans d’autres environnements intérieurs très fréquentés et connectés, tels que des bureaux bien remplis, d’autres lieux de travail, des restaurants/cafés bondés, des immeubles à appartements exigus, etc.

(a) nous devons réaménager nos espaces de vie/travail et repenser la manière d’offrir un environnement de vie/travail mieux ventilé à ceux qui vivent dans des zones défavorisées et exiguës ; (b) éviter les contacts étroits et soutenus à l’intérieur et dans les transports publics, et maintenir une hygiène personnelle.