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| Covid-19 : Morts par million d'habitants depuis le seuil de 3 /M d'h. source : Guillaume Rozier, Covidtracker |
Mortalité du Covid-19 : éléments de comparaison internationale
Covid-19 : stratégies de traçage de contacts pour préparer une éventuelle vague automnale
Cadre de raisonnement et mesures à prendre pour se préparer à une éventuelle vague épidémiologique à l'automne [Synthèse], Fil twitter d'Yvon Le Flohic, médecin généraliste, 26 mai 2020
on arrive au bout de la réflexion : le lockdown est une mesure de freinage d urgence, mais on peut faire aussi bien sans lockdown (c 'était déjà visible en Corée, à Hong Kong...) 1/ https://t.co/jQEqCJ4ylL
— Le Flohic (@DrGomi) May 26, 2020
Pourquoi certains patients COVID-19 infectent-ils beaucoup, alors que la plupart ne propagent pas du tout le virus ?
Pourquoi certains patients COVID-19 infectent-ils beaucoup, alors que la plupart ne propagent pas du tout le virus ? Kai Kupferschmidt, Science, 19 mai 2020
Extraits traduits :
« La pandémie de COVID-19 a donné lieu à des "événements de forte diffusion". Une base de données de Gwenan Knight et de ses collègues de la London School of Hygiene & Tropical Medicine (LSHTM) a répertorié une épidémie dans un dortoir pour travailleurs migrants à Singapour, liée à près de 800 cas ; 80 infections liées à des concerts à Osaka, au Japon ; et un regroupement de 65 cas du à des cours de zumba en Corée du Sud. Des clusters sont également apparues à bord de navires, dans des maisons de retraite, des usines de conditionnement de viande, des stations de ski, des églises, des restaurants, des hôpitaux et des prisons. Parfois, une seule personne infecte des dizaines de personnes, tandis que d'autres clusters se développent par plusieurs étapes de propagations et dans plusieurs lieux.
(...)
Covid-19: maitriser les évenements en lieu clos pour éteindre l'épidémie ?
Yvon Le Flohic médecin généraliste, commente l'article de la Charente Libre « Il n’y aura pas de deuxième vague : deux scientifiques français expliquent leur thèse » sur Twitter :
Il y a effectivement une possibilité d absence de deuxième vague , mais pas pour des raisons d immunisation de l ensemble de la population 1/ https://t.co/DDdsh8bqf5
— Le Flohic (@DrGomi) May 21, 2020
[passages en gras de mon fait]
« Il y a effectivement une possibilité d’absence de deuxième vague, mais pas pour des raisons d’immunisation de l’ensemble de la population. Les premières études sérologiques et en population par rtPCR ayant démontré une absence d’immunité populationnelle ; il faut toutefois se rappeler que ce virus n’est pas très contagieux en population générale et que certains « ensemencements » n’ont pas pris. Par exemple la souche qui a démarré dans le Grand Est (église évangélique) n’a pas essaimé en France, mais à l'international, la souche Ile-De-France-Bretagne est différente. Les études génomiques Nextstrain montrent que certaines villes ont eu de multi imports (Washington) quand d’autres ont eu une épidémie due a probablement un seul import (New York). Il faut raccrocher conceptuellement ces éléments avec ce qui est constaté sur le mode de propagation de ce virus qui est principalement lié à des épisodes en lieu clos (principalement, donc pas non plus uniquement).
Covid-19 : transmission, risques et prévention [revue de web]
"Tant que 60 à 70 % de la population ne sera pas immunisée, l’épidémie poursuivra sa course morbide, peut-on lire dans les publications scientifiques et les articles de presse, d’un bout à l’autre de la planète. Depuis le début de l’épidémie, cet horizon semble faire consensus. Le problème, c’est que les modèles utilisés pour fixer ce seuil s’appuient sur une épidémie qui ressemblerait à la grippe, où nous aurions grosso modo tous la même probabilité d’infecter n’importe quel autre individu. Ce qui s’avère très loin de ce que nous observons actuellement. En s’appuyant sur de nouveaux modèles, des chercheurs revoient à la baisse ce seuil d’immunité collective. Ils le revoient tellement à la baisse que leurs publications font l’effet d’un pavé dans la mare.
Coronavirus : 90 % des contaminations se produiraient de façon aéroportée dans les lieux clos et mal ventilés, Caducée.net, 18 mai 2020
"Partager un espace confiné, mal ventilé pendant une ou plusieurs heures constituerait le dénominateur commun à la grande majorité des situations propices à la contagion du Coronavirus SARS CoV-2. Si la transmission du virus par les microgouttelettes à l’occasion d’une toux ou d’un éternuement est établie depuis le début de l’épidémie, un faisceau d’indices concordant laisse à penser que son transport aéroporté sous forme d’aérosols serait à l’origine d’un nombre tout aussi important de contaminations. Si les preuves formelles manquent encore, le principe de précaution devrait inciter les autorités sanitaires à revoir une fois de plus leur doctrine de port de masque."
Il y a effectivement une possibilité d'absence de deuxième vague , mais pas pour des raisons d'immunisation de l'ensemble de la population (...) en maitrisant les événements de lieux clos on peut maitriser voire éteindre cette épidémie, Fil Twitter Yvon Le Flohic, 21 mai 2020
The Risks - Know Them - Avoid Them, Erin Bromage, May 6, 2020
"So throughout most of the country we are going to add fuel to the viral fire by reopening. It's going to happen if I like it or not, so my goal here is to try to guide you away from situations of high risk. "
Les dynamiques de la transmission du Sars-Cov-2
“Synthèse d’articles sur les dynamiques de transmissions du Sars-Cov-2 (traduit par deepl) du docteur Muge Cevik chercheuse universitaire clinique en maladies infectieuses et virologie.”
Why do some COVID-19 patients infect many others, whereas most don’t spread the virus at all? Kai Kupferschmidt, Science, May 19, 2020
Why Meatpacking Plants Have Become Covid-19 Hot Spots, WIRED, May 7, 2020
"Frigid temperatures, cramped conditions, and long hours put meat processing workers at higher risk for contracting the novel coronavirus."
How do you stay safe now that states are reopening? An expert explains how to assess risk when reconnecting with friends and family, The Conversation, 18 may 2020
"Now that states are relaxing social distancing restrictions, people desperately want to see friends and family, go to a restaurant and let our kids have playdates. Even grocery shopping sounds fun. But how can you do that and still stay safe? Here, an epidemiologist who is immune-compromised himself walks you through some decision-making."
États-Unis : deux morts du Covid-19 parmi cinquante-deux personnes contaminées au sein d’une chorale, Réalités Biomédicales, 18 mai 2020
“L’histoire remonte à la mi-mars 2020 et se déroule aux États-Unis dans le comté de Skagit, dans le nord-ouest de l’État de Washington. Parmi 61 choristes qui ont participé le 10 mars à une répétition, 53 personnes sont tombées malades. Les autorités sanitaires locales sont informées de la situation le 17 mars et entreprennent dès le lendemain de rechercher l’origine de cette flambée épidémique.”
La pandémie, la faute des super-contaminateurs ? [audio, 6'], France culture, 20 mai 2020
“Que sont les super-contaminateurs ? Pourquoi pourraient-ils être responsables d'une grande partie de l'épidémie ?”
Covid-19 : Taux de "mortalité" de l’infection en France par sexe et classe d’âge
La mortalité désigne le pourcentage de morts par rapport au nombre d’individus d’une population donnée dans une période donnée.
(...)Inversement, le chiffre de la létalité ne se rapporte pas à une population dans son ensemble, mais exclusivement aux personnes atteintes par la maladie considérée. C’est le risque qu’ont les personnes atteintes de cette maladie de mourir chaque année.
Donc il s'agit bien ici de létalité et non de mortalité.
Taux de létalité de l’infection en France par sexe et classe d’âge
| moyenne | 800 pour 100 000 (0,8%) | 500 pour 100 000 (0,5%) |
Source : Supplementary Materials for Estimating the burden of SARS-CoV-2 in France (page 37)
« La probabilité globale de décès parmi les personnes infectées (le taux de mortalité par infection, IFR) est de 0,7% (Intervalle de confiance à 95% : 0,4-1,0) »
Salje et al., « Estimating the Burden of SARS-CoV-2 in France », 13 mai 2020.
Coroweb du 11 mai 2020
Quels modèles épidémiologiques pour la sortie du confinement ? [audio], France culture, 11 mai 2020
"En cette première journée de déconfinement, Nicolas Martin s'intéresse aux modèles de propagation du virus."
- les mesures de confinement ont eu un effet notable sur le ralentissement de la propagation du virus, avec, je vous le rappelle selon, l'Institut Pasteur, une réduction de 84% du taux de reproduction virale, c'est à dire le nombre de personnes qui sont contaminées par un seul malade, le faisant passer de 3,3 à 0,5, soit en dessous du seuil épidémique, puisqu'il est entendu que quand un malade en contamine moins d'un autre, statistiquement l'épidémie finit par s'éteindre.
- D'où la question cruciale des conséquences de la levée du confinement sur la circulation du virus
- mécaniquement, avec la reprise même limitée de l'activité, les contaminations vont repartir à la hausse. Tout l'enjeu est d'éviter qu'elle ne reparte trop fort ou trop vite, et que nous soyons confrontés à cette seconde vague, dont tout le monde parle mais dont il faut préciser qu'elle n'est apparue à l'heure actuelle dans aucun pays
- plusieurs chercheurs en lien avec l'APHP ont donc travaillé sur un modèle informatique, qui inclut un très grand nombre de paramètres
- qu'ils font varier pour estimer les conséquences d'un certain nombre de choix, et comment ils influent sur la courbe épidémique et la saturation des lits de réanimation.
- il s'agit de modèles, donc avec une certaine marge d'erreur et qu'il reste plusieurs inconnues
- La
première conclusion de ce modèle, c'est que si la distanciation sociale
et le port du masque obligatoire permettent de facto un ralentissement
de la progression de l'épidémie, ils ne seraient pas efficaces à eux
seuls pour prévenir une saturation des services de réanimation et une
deuxième poussée épidémique et avec donc, à la clé, la nécessité d'en
passer par une nouvelle période de confinement.
Selon les projections, avec ces seules mesures, le niveau de contamination atteindrait un pic entre les mois d'août et octobre. Néanmoins, la mortalité reste fortement diminuée, de plus de 60% par rapport à l'absence totale de mesures. - L'autre enseignement de ce modèle, c'est qu'il faudrait protéger en priorité les personnes âgées et vulnérables.
Les dynamiques de la transmission du Sars-Cov-2
Synthèse d’articles (dont 6 prépublications) sur les dynamiques de transmissions du Sars-Cov-2 (traduit par deepl) du docteur Muge Cevik chercheuse universitaire clinique en maladies infectieuses et virologie.
[Les articles publiés sur Medrxiv sont des prépublications et n’ont pas fait l’objet d’un examen par les pairs. Ils font état de nouvelles recherches médicales qui n’ont pas encore été évaluées et ne doivent donc pas être utilisées pour guider la pratique clinique.]
Question :
Beaucoup de discussions ont eu lieu récemment sur les dynamiques de la transmission [du Sars-Cov-2], dont la plupart sont extrapolées à partir des charges virales et d'estimations. Que nous apprennent les données sur les tests de dépistage et la recherche des contacts sur la probabilité réelle de transmission du virus (taux d’infection), les environnements à haut risque et l’âge ?
Résumé :
Bien que la quantité de virus infectieux requis pour l’infection soit inconnue, ces études indiquent qu’un contact étroit et prolongé est nécessaire pour la transmission de la #COVID19. Le risque est le plus élevé dans les environnements fermés : ménages, établissements de soins de longue durée et transports publics.
Les taux d’infection élevés observés dans les ménages, les réunions d’amis et de famille et les transports suggèrent que les contacts étroits en groupe/réunion sont probablement le principal facteur de transmission efficace. Les interactions occasionnelles et courtes ne sont pas le principal facteur de l’épidémie, cependant respectez la distanciation sociale !
L’augmentation des taux d’infection observée dans les environnements clos et connectés correspond aux taux élevés d’infection observés dans les mégalopoles, les zones défavorisées et les foyers de sans-abri. Une prépublication récente [0.] démontre que l’intensité de l’épidémie est fortement influencée par la promiscuité.
Bien que limitées, ces études indiquent jusqu’à présent que la susceptibilité à l’infection augmente avec l’âge (plus élevé que 60 ans) et de plus en plus de preuves suggèrent que les enfants sont moins sensibles, sont rarement responsables de la transmission à la maison, ne sont pas les principaux moteurs de cette épidémie.
Enfin, ces études indiquent que la plupart des transmissions sont causées par un contact étroit avec un cas symptomatique, le risque le plus élevé se situant dans les 5 premiers jours des symptômes. À noter : cette prépublication [00.] suggère que la plupart des infections ne sont pas asymptomatiques pendant l’infection.
[Taux d’attaque : nombre de nouveaux cas sur une période divisé par le nombre de personnes à risque pendant la même période. Le taux d’attaque est la proportion de personnes malades sur la proportion de personnes exposées à un risque reconnu. Taux d’attaque secondaire : Taux de cas rapportés à l’ensemble des sujets vulnérables dont on a déduit les cas primaires]
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